MISTRAL – Metabarcoding pour le suivi des opérations de restauration de l’albarine

Les opérations de restauration écologique (ORE) des cours d’eau se multiplient, notamment sur les nombreux affluents du Rhône tels que l’Albarine. L’efficacité de ces actions est aujourd’hui difficile à évaluer de par (1) la méconnaissance des états initiaux, (2) la forte variabilité associée à des contextes bruités par de multiples facteurs, et enfin (3) la dynamique temporelle des ORE. De nos jours, les ORE sont évaluées grâce à des mesures de biodiversité (e.g. communautés de zoobenthos) qui dépendent de méthodes d’identification morphologique qui sont à la fois peu sensibles (Dolédec et al 2015) et qui nécessitent un fort effort d’échantillonnage (Vaudor et 2015) et sont donc onéreuses. De plus ces mesures de biodiversité classiques apportent une vision incomplète de la biodiversité car elle ne prennent pas en compte des groupes ubiquistes difficilement identifiables morphologiquement (e.g. diptères, acariens, nématodes) mais qui pourraient se révéler être de très bons indicateurs. L’identification moléculaire de communauté entière (le métabarcoding) pourrait lever ces verrous en apportant de la précision taxonomique mais également en réduisant les temps d’identification et le coût des suivis, permettant ainsi des suivis en routine plus longs et plus fréquents, avant et après restauration (Ji et al 2013). De plus le métabarcoding peut s’appliquer sur les mêmes échantillons que les méthodes classiques (eg. surber de l’I2M2) permettant à la fois de maintenir une continuité dans les protocoles d’échantillonnage mais également de s’affranchir des problèmes liés à l’utilisation des ADN environnementaux et leur transfert dans les hydrosystèmes. Néanmoins, il n’existe pas aujourd’hui de protocole de métabarcoding en cours d’eau standardisé et opérationnel pour des échantillons de Surber. Dans ce projet nous proposons de tester sur le bassin de l’Albarine, et à destination d’une ORE sur l’Albarine, différents protocoles de métabarcoding et de les confronter aux approches morphologiques classiques.